El Ministerio Público, previo a las reformas constitucionales que regularon su funcionamiento, se encontraba integrado a la Procuraduría General de la Nación, conforme el Decreto 512 del Congreso de la República.

En 1993 el Estado de Guatemala dio un giro sustancial en la forma de organizar el sistema penal para enfrentar la criminalidad en nuestro país, dividió las tareas de juzgamiento, investigación y persecución penal en distintos órganos para establecer un sistema de pesos y contrapesos que permitiera eliminar las arbitrariedades y el abuso de poder que se observó durante la vigencia del sistema anterior.

El Ministerio Público, a raíz de la reforma constitucional de 1992, se constituyó en un órgano autónomo encargado de ejercer la persecución y la acción penal pública. El Código Procesal Penal que entró en vigencia en 1994, trajo consigo una serie de funciones y responsabilidades para el Ministerio Público, resumiéndose todas ellas en dos grandes áreas: facultades de dirección de la investigación en la denominada etapa preparatoria y, las facultades de acusación para el ejercicio de la persecución penal propiamente dicha.

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